ดร.ชัญญา พุทธิขันธ์ สำเร็จการศึกษาระดับปริญญาตรี และโท สาขาจุลชีววิทยา จากจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย และปริญญาเอก สาขาเทคโนโลยีการหมักและเทคโนโลยีชีวภาพ จากมหาวิทยาลัยโอซาก้า ประเทศญี่ปุ่น ต่อมาในปี พ.ศ. 2538 ได้เข้าทำงานในตำแหน่งนักวิจัย ของศูนย์พันธุวิศวกรรมและเทคโนโลยีชีวภาพแห่งชาติ (ไบโอเทค) ที่หน่วยปฏิบัติการเครือข่ายร่วมกับทีมวิจัยโรคไข้เลือดออก ของคณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาล มหาวิทยาลัยมหิดล และได้รับแต่งตั้งเป็นผู้อำนวยการกลุ่มวิจัยเทคโนโลยีชีวภาพระดับโมเลกุลทางการแพทย์ ในปี พ.ศ. 2566

ดร.ชัญญา มีความเชี่ยวชาญด้านชีววิทยาโมเลกุลและวิทยาภูมิคุ้มกัน โดยมีความสนใจในงานวิจัยที่เกี่ยวกับไวรัสเด็งกี่และโรคไข้เลือดออก และได้ทำการสร้างชุดโมโนโคลนอลแอนติบอดีต่อไวรัสเด็งกี่ที่มีความหลากหลายต่อชนิดและอิพิโทปของโปรตีน ตลอดจนซีโรทัยป์ของไวรัสเด็งกี่ ซึ่งเป็นประโยชน์อย่างมากต่อการพัฒนาชุดตรวจวินิจฉัย การพัฒนาวัคซีน และงานวิจัยพื้นฐานที่เป็นสาเหตุของการเกิดโรค ทำให้ได้รับรางวัลด้านผลงานวิจัยและนวัตกรรมทั้งในและต่างประเทศ จากผลงานชุดตรวจโรคไข้เลือดออกที่แยกซีโรทัยป์ของไวรัสเด็งกี่ได้ทันที นอกจากนี้ ยังมีผลงานตีพิมพ์ในวารสารวิชาการระดับนานาชาติมากกว่า 40 เรื่อง รวมทั้งสิทธิบัตร และผลงานต้นแบบอื่น ๆ ในสาขาที่เชี่ยวชาญ