ผศ.ดร.ไพโรจน์ ขาวสิทธิวงษ์ เริ่มทำงานที่มหาวิทยาลัยศิลปากรตั้งแต่ปี 2539 ในตำแหน่งอาจารย์ประจำภาควิชาสถิติ ได้รับทุนรัฐบาลไทยไปศึกษาต่อระดับปริญญาเอก ณ ประเทศออสเตรเลีย และสำเร็จการศึกษาจาก Curtin University of Technology ในปี 2549 ผศ.ดร.ไพโรจน์ มีความเชี่ยวชาญด้านการควบคุมคุณภาพเชิงสถิติ และการวิเคราะห์อนุกรมเวลา โดยเฉพาะ Kalman filter, Adaptive filter และ Robust filter โดยได้รับการสนับสนุนทุนวิจัยจากสำนักงานกองทุนสนับสนุนการวิจัย (สกว.) และ Endeavour Research Fellowship Award จากรัฐบาลออสเตรเลีย ผศ.ดร.ไพโรจน์ ได้รับโอกาสทำวิจัยเป็น adjunct research fellow ที่ Department of Mathematics and Statistics, Curtin University of Technology ปัจจุบัน ผศ.ดร.ไพโรจน์ ยังทำหน้าที่เป็นผู้ตรวจประเมินรางวัลคุณภาพแห่งชาติ (TQA) และเกณฑ์คุณภาพการศึกษาเพื่อการดำเนินการที่เป็นเลิศ (EdPEx)

ผศ.ดร.ไพโรจน์ ได้เข้าสู่การทำงานบริหารในตำแหน่งหัวหน้าภาควิชาสถิติ และ รองคณบดี คณะวิทยาศาสตร์ ในปี 2553 และ 2556 ตามลำดับ โดยในปี 2562 ได้เข้าดำรงตำแหน่งผู้ช่วยอธิการบดีฝ่ายประกันคุณภาพการศึกษา ปัจจุบันดำรงตำแหน่งรักษาการ รองผู้อำนวยการ ศูนย์พันธุวิศวกรรมและเทคโนโลยีชีวภาพแห่งชาติ